Początki parafii w Krzeszowie sięgają połowy XIV wieku. Jest ona jedną z najstarszych parafii w całym regionie podbabiogórskim. Jak podają źródła (rejestr świętopietrza) pierwszą parafią na tym terenie była parafia w Mucharzu. Na pewno istniała ona już w 1325 roku, a jak twierdzą niektórzy badacze jej początki mogą sięgać nawet wieku wcześniej. Podobna sytuacja dotyczy Zembrzyc, i wymienianej w roku 1333 zembrzyckiej parafii. Parafię w Krzeszowie źródło to wymienia po raz pierwszy w 1355. Tak więc parafia ta powstać musiała pomiędzy 1333 a 1355 rokiem. I mała ciekawostka. Suska parafia datowana jest dopiero na rok 1626.
W XVIII wieku powstało niezwykle interesujące, gigantyczne dzieło "Chronografia albo dziejopis żywiecki", Andrzeja Komonieckiego, (ok. 1658-1728), przez 40 lat wójta żywieckiego. Opisuje dzieje Żywiecczyzny od XIV wieku do czasów współczesnych autorowi kroniki. W tym cennym źródle wiedzy o Żywiecczyźnie znaleźć możemy również wiele informacji dotyczących parafii krzeszowskiej. Oto kilka z nich: (pisownia oryginalna)
W drugiej połowie dziewiętnastego wieku, ponad dwustuletni kościół w Krzeszowie musiał już być w bardzo złym stanie. Niestety nie zachował się żaden obraz tego kościoła, a informacje, jakie mamy o nim, są bardzo szczupłe.
W opracowaniu dr J. Szablowskiego w "Zabytki sztuki w Polsce" Inwentarz topograficzny Państwowego Instytutu Historii Sztuki z roku 1948 czytamy: "Kościół drewniany p.w. św. Katarzyny wzniesiony w roku 1615, powiększony w 3 ćwierci wieku XVII, zburzony w roku 1905. Kościółek ten posiadał od zachodu wieżę o ścianach pochyłych z izbicą i otwarte soboty dookoła. Strop nawy ozdobiony był scenami z życia św. Katarzyny, chór muzyczny malowany przedstawieniami dekalogu".
O potrzebie budowy nowej świątyni świadczy powstanie Komitetu budowy kościoła. Zachował się medal z roku 1873, z napisem: PAMIĄTKA ZA OFIARY NA BUDOWĘ KOŚCIOŁA W KRZESZOWIE.
Proboszczowie nie wspominają jednak w Kronice o potrzebie budowy nowej świątyni. Ksiądz Wawrzyniec Barcik, proboszcz parafii w latach 1836-1855, remontował stary kościół, w 1850 roku założył nowe, murowane na wapnie podwaliny kościoła, gdyż dotychczasowe z roku 1836 "zbutwiały i do ziemi się wgniotły". Sprawiał do kościoła nowe sprzęty i szaty liturgiczne. W roku 1852 rozpoczęto parafialną składkę na zegar wieżowy, a w roku 1853 naprawiono dach na korytarzu około kościoła przybudowanym i na stacjach Męki Pańskiej. Ks. Piotr Wróbel, jego następca, wymienia jeszcze inne prace przez niego wykonane: konfesjonały, ławki, antypedium i stopnie ołtarzowe. W roku 1882 proboszczem został ks. Józef Cyankiewicz. W kronice napisał o remoncie w roku 1887 kopuły i bani na wieży, oraz o ufundowaniu nowego konfesjonału i odnowieniu, znalezionych pod dzwonnicą obrazów z feretronów. W roku 1892 proboszczem w Krzeszowie został ks. Franciszek Sikora, który tak jak poprzednicy sprawiał do kościoła potrzebne sprzęty i szaty liturgiczne. Żaden nie wspomina o potrzebie budowy nowego kościoła.
Po śmierci, księdza Sikory, 30 lipca 1899, będącej następstwem wypadku drogowego, 4 stycznia 1900 roku przybył do Krzeszowa ksiądz Michał Bochenek. W pierwszych słowach, pisanej przez siebie kroniki, mówi o natychmiastowej potrzebie budowy nowego kościoła. Przez jakiś czas trwały jeszcze burzliwe dyskusje z parafianami o miejsce budowy, ale już w maju 1901 roku postanowiono, że nowy kościół budowany zaraz być musi, bo stary grozi zawaleniem.
Budowę rozpoczęto 30 lipca 1901 roku. "Budowniczy Karol Korn z Bielska zawarł umowę i rozpoczęły się prace". Dnia 2 sierpnia odprawiono nabożeństwo o błogosławieństwo w rozpoczętym dziele. 8 września, Ksiądz Marceli Klimkiewicz, delegat Najprzewielebniejszego Książęco-Biskupiego Konsystorza w Krakowie, dokonał poświecenia Kamienia węgielnego nowego kościoła. Wmurowano też akt, następującej treści:
"W imię Ojca, i Syna i Ducha Świętego. Roku Pańskiego 1901, Kiedy na Stolicy św. Piotra w Rzymie zasiadał i chwalebnie Kościołem Chrystusowym rządził Papież Leon XIII; Kiedy na Stolicy św. Stanisława zasiadał i był Biskupem Krakowskim X. Jan Kniaź z Kozielska Puzyna, Książę Biskup Krakowski, Kardynał św. rzymskiego Kościoła; Kiedy Biskupem Sufraganem Krakowskim był X. Anatol Nowak, Prałat Scholastyk Kapituły Krakowskiej; Kiedy Dziekanem Suskim był X. Marceli Klimkieiwcz, proboszcz w Tarnawie Dolnej ad Sucha; Kiedy proboszczem w Krzeszowie był ks. Michał Bochenek; Kiedy Cesarzem Austrii był Franciszek Józef I; Kiedy właścicielem dóbr Krzeszowa, Kukowa i Tarnawy Górnej (Redz) był Hrabia Władysław Branicki; Kiedy Administratorem tych dóbr był Pan Edward Drapella - parafianie z Krzeszowa, Kukowa i Tarnawy Górnej (Redz) kościół ten własną ofiarnością i datkami konkurencyjnymi postawili i kamień węgielny położyli."
Prace postępowały bardzo szybko. Już 1 listopada stały mury kościoła wysokie na 10 metrów. W zimie na przełomie roku 1901 i 1902 robiono wiązania dachowe, a wiosną ruszyły prace murarskie. Budowano wieże, na której 6 lipca 1902 r. osadzono krzyż poświęcony przez ks. Bochenka, który osobiście był na najwyższym poziomie rusztowania. Od razu też kryto wieżę kolorową dachówką, a kościół dachówką czarną. W kościele stawiano kamienne filary i przygotowywano rusztowanie do budowy sklepienia. Już pod koniec września sklepienia były gotowe. Kładziono więc posadzkę cementową, zakładano obramowania okien i stawiano schody kamienne od frontu i przy bocznych wejściach. Jesienią zaprawiono drzwi, szklono okna i wykonywano ostatnie prace wykończeniowe. Z końcem 1902 roku, niespełna półtora roku po rozpoczęciu robót, kościół był wybudowany. Ciężki to był czas dla księdza Bochenka, który musiał zapewnić finanse na to dzieło. O parafianach napisał, że większość chętnie ofiary dawała, choć byli i tacy, którzy nic dać nie chcieli. W roku 1903 ks. Bochenek na własny koszt zamówił 3 ołtarze w Tyrolu, u Stuflessera (St. Ulrich - Gröden) a u Riegera (Śląsk austr.) organy 14-głosowe. Na ten cel ofiary składali również członkowie róż różańcowych i czciciele Serca Jezusowego. 13 kwietnia 1903 roku ks. proboszcz zwrócił się z prośbą do Kurii o wydelegowanie kapłana do poświęcenia nowego kościoła w Krzeszowie. Wyznaczony został ks. Marceli Klimkiewicz, dziekan suski, proboszcz w Tarnawie Dolnej. Poświęcił kościół p.w. Matki Bożej Nieustającej Pomocy, dnia 21 czerwca 1903 roku, (niespełna 2 lata po rozpoczęciu budowy - trzy ołtarze stały już w kościele i grały organy). Podczas tej uroczystości po poświęceniu nowego kościoła, wrócono do starego, gdzie proboszcz wygłosił mowę, w której pożegnał stary kościół, a następnie z pieśnią: "Nie opuszczaj nas", przeniesiono w procesji Najświętszy Sakrament do nowego kościoła. Tu proboszcz odprawił pierwszą Mszę św. Uroczystość ta zgromadziła wielki tłum ludzi i liczne grono kapłanów. Od tego dnia wszystkie nabożeństwa odprawiano już w nowym kościele. W roku 1904 sprowadzono z Tyrolu do kościoła stacje Drogi Krzyżowej, które w połowie sfinansował parafianin Marcin Baca, a resztę ofiarowali "dobrowolnymi ofiarami" pozostali parafianie. W tym też roku Kasper Ćwiękała zrobił "stalle" do prezbiterium. Na wiosnę, obsadzono kościół drzewami. W roku 1905 zburzono "doszczętnie" stary kościół. Kupiło go na licytacji 7 gospodarzy z Krzeszowa. Ksiądz Bochenek napisał: "Tak znikł z ziemi kościółek drewniany, który prawie trzysta lat służył tutejszej parafii za dom Boży."
Niespełna cztery lata po wybudowaniu nowego kościoła, parafianie wraz ze swym gospodarzem, księdzem proboszczem Michałem Bochenkiem doczekali się konsekracji kościoła. Msza konsekracyjna zaplanowana została na 1 września 1906 roku. Ksiądz Bochenek w kronice parafialnej opisuje przede wszystkim uroczystości poprzedzające mszę konsekracyjną. "31 sierpnia 1906 roku, koło godz. 5 po południu przybył do Krzeszowa Najprzewielebniejszy Ks. Biskup Anatol Nowak, Sufragan Krakowski, celem dokonania konsekracji kościoła i wizytacji parafii. Pogoda sprzyjała cudna, lud zgromadził się bardzo licznie. Najprzewielebniejszy Ksiądz Biskup oddawszy pokłon Panu Jezusowi w Najśw. Sakramencie wygłosił kazanie przy kościele z przenośnej ambony na temat: "Wola Boża - uświęcenia wasze". Następnie udaliśmy się do plebani, gdzie Najprzew. Ks. Biskup opieczętował św. relikwie i podpisał pergaminowy akt konsekracji ołtarza. Relikwie św. biskupa Stanisława i Jozefata Męczennika ponieśli kapłani procesjonalnie do kaplicy (w zakrystii urządzonej). Tu odmówiono Oficjum o męczennikach, a lud śpiewał pieśni przez całą noc. Były to prawdziwe "vigiliae". 1 września, w sobotę, ja o wpół do czwartej miałem już Mszę św. Inni kapłani zaraz potem. Najprzew. Ks. Biskup o 6 godz. miał Mszę św., a o 7 rozpoczęła się ceremonia konsekracji kościoła i wielkiego ołtarza. Trwała do 10:30.
W roku 1938 przybył do Krzeszowa z Czarnego Dunajca nowy wikariusz, ksiądz
Władysław Bożek, który po śmierci księdza Bochenka w 1945 r., został tu
proboszczem. ksiądz Bożek Jego pasterzowanie w Krzeszowie naznaczone było troską
o wzrost duchowego życia parafian, a także pracą nad upiększaniem kościoła i
jego otoczenia. Już na samym początku zachęcił parafian do wybudowanie
"wikarówki", gdzie sam zamieszkał, a potem przez wiele lat, aż do 1992 r.,
mieszkali kolejni wikarzy. W 1949 wybudował nową plebanię, a wkrótce potem
zabudowania gospodarcze. W roku 1950 musiał odbudować spaloną wieżę. Zatroszczył
się o wyrównanie terenu wokół kościoła, wybudował kamienne mury wzmacniające
skarpy i wykonał ogrodzenia wokół kościoła oraz plebani. Sprawiał do kościoła
potrzebne sprzęty, naczynia i szaty liturgiczne. Za jego proboszczowania dwa
razy zmieniano dachówkę na kościele, zakupiono dzwony oraz odmalowano kościół.
Wybudował obok kościoła grotę Matki Bożej z Lourdes. W roku 1976 wybudował
okazały dom katechetyczny, który podczas wakacji służy młodzieży Oazowej jako
dom rekolekcyjny.
W wielu parafianach wciąż żywa jest pamięć o tym gorliwym księdzu, który zmarł
26 maja 1982 r.